Hainan Airlines foi criada em outubro de 1989, como província de Hainan Airlines em Hainan, a maior zona de economia especial na China. Foi então rebatizado como Hainan Airlines e tornou-se a primeira empresa de transporte aéreo estoque comum da China em janeiro de 1993 e começou serviços regulares em 2 de maio de 1993.

Jato executivo de operações com um Bombardier Learjet 55 foram adicionadas em abril de 1995. Em 1998, Hainan Airlines se tornou a primeira transportadora chinês a acções próprias em um aeroporto depois que comprou a participação de 25% do Aeroporto Internacional de Haikou Meilan. a partir de fevereiro de 2012, a frota de Hainan Airlines consiste das seguintes aeronaves com idade média de 5,7 anos.