Rayquaza é um grande, verde, voando serpentina-como criatura com asas com ponta vermelha, leme-como sobre seus ombros e para baixo de seu corpo e da mesma forma-padrão barbatanas na ponta de sua cauda. Anéis de amarelo executado em todo o comprimento do corpo do Rayquaza e tem um anel amarelo adicional em cima de sua cabeça. Rayquaza tem duas pernas com três garras carpos e duas estruturas de longas, planas, chifre-como sobre sua cabeça, com dois chifres pequenos abaixo delas. Rayquaza parece ter um gumline proeminente, com apenas duas presas discerníveis na ponta do seu focinho superior, outras saliências em sua boca aparentemente de gengivas pontiagudas. Tem olhos pequenos, amarelos com alunos negros. Seus olhos e marcações lembram as do Kyogre e Groudon.