Este ramo da microbiologia industrial preocupado com matérias têxteis. Maioria dos microorganismos em têxteis — a fungos, actinomicetos e bactérias — originam, ar, solo e água. Alguns dos microorganismos são prejudiciais para as fibras ou o consumidor. Podem decompor a celulose ou a proteína na fibra ou afetar a saúde do consumidor. Desde que o teor de umidade mínima para o desenvolvimento de microorganismo é de 7%, armazenamento seco é uma medida de prevenção eficaz. Alguns dos microorganismos são úteis, por exemplo, no processo de maceração, em que as fibras são libertou os caules dessas plantas de fibra como o linho, cânhamo e juta.